Почти вся территория Муезерского района расположена в южной части Западно-Карельской возвышенности, сложенной кислыми горными породами. Это предопределило сравнительную бедность флоры по сравнению с расположенными южнее Приладожьем и восточнее Сегозерьем, где распространены основные и карбонатные породы и набор местообитаний значительно шире. По существующему флористическому районированию Карелии территория Муезерского района относится к Выгозерскому флористическому району (большая часть) и Заонежскому флористическому району (небольшая часть южнее пос. Мотко по широте).

Во флористическом отношении Муезерский район изучен довольно слабо. Ботанические исследования проводились в конце 19 и середине 20 веков финскими ботаниками в окрестностях пос. Ругозеро, и Реболы, и в последние годы на территории заповедника "Костомукшский" и планируемого НП "Тулос". По предварительным оценкам, на территории района встречается около 600 видов сосудистых растений. Здесь преобладают широко распространенные таежные виды. Многие южные виды, такие, как ландыш майский (Convallaria majalis), осока пальчатая (Carex digitata), орляк (Pteridium aquilinum), звездчатка дубравная (Stellaria nemorum), кислица (Oxalis acetosella) и т.п., массовые в Приладожье, здесь встречаются редко, некоторые отсутствуют вовсе. Слабо здесь представлены также северные виды, хотя некоторые, например, лютик лапландский, именно здесь встречен в самой южной точке в Карелии.

С другой стороны, в Муезерском районе к числу обычных и массовых относятся западные виды, которые далее к востоку становятся все более редкими и обычно восточнее линии Онежское озеро-оз. Выгозеро-Белое море не встречаются вовсе. К таким видам относятся, например, охраняемые в России и Карелии водные растения полушники озерный и колючеспоровый, лобелия Дортмана (Lobelia dortmanna) . Присутствуют здесь и восточные виды, некоторые из которых, например, резуха северная (Arabis borealis), горец раковые шейки (Bistorta major), далее на запад не проникли и, например, в Финляндии отсутствуют. Некоторые восточные виды расселялись по вторичным местообитаниях и отражают древние связи, существовавшие на протяжении веков между Внутренней Карелией и Прибеломорьем и Обонежьем. К числу таких видов принадлежат, например, лисохвост тростниковидный (Alopecurus arundinacea), бутень Прескотта (Chaerophyllum prescottii), манник складчатый (Glyceria notata). На лугах встречаются также интересные в биогеографическом плане восточные виды манжеток (голостебельная, полулунная, Alchemilla glabricaulis, A. semilunaris), известные на смежной территории Финляндии из единичных пунктов.

На территории Муезерского района встречается ряд видов, внесенные в Красные книги РСФСР (полушники озерный и колючеспоровый, пальцекорник Траунштейнера, лобелия Дортмана) (Isoetes echinospora, I. lacustris, Dactylorhiza traunsteineri, Lobelia dortmanna) и Карелии (около 15 видов).

С точки зрения развития экологического туризма наибольший интерес представляют следующие ботанические объекты:

1. озерно-речные системы бассейна Балтийского моря р. Лендерка-оз. Куйккаселькя-оз. Лендерское-оз. Сулла-оз. Лексозеро-оз. Большое Ровкульское; р. Лужма-оз. Тулос-р. Короппи-оз. Короппи (суббассейн Ладожского озера), р. Суна-оз. Гимольское (суббассейн Онежского озера) и бассейна Белого моря р. Чирка-Кемь-оз. Калмозеро-оз. Мергубское, оз. Унгозеро-р. Унга-р. Онда-оз. Ондозеро, Лувозеро-оз. Кимасозеро-оз. Нюк. В реках и озерах встречается большое количество водных и прибрежных видов растений, особенно западных, постепенно редеющих по направлению к востоку, а также охраняемых в России и в Карелии.

2. луга на месте старых поселений, где представлены многие восточные виды, появившиеся здесь много веков назад и крайне редкие или вовсе не встречающиеся западнее.

3. территория планируемого НП "Тулос", где на настоящий момент выявлены 352 вида, определены места произрастания редких, охраняемых и интересных в биогеографическом отношении видов.

4. Андронова гора в окрестностях дер. Тикша (крайний северо-восток района). Здесь на породах основного и карбонатного состава встречаются многие требовательные к плодородию почвы виды растений. Здесь одно из немногих мест в районе, где обычна кислица (Oxalis acetosella). На скалах встречаются редкие и охраняемые виды мелких папоротников из родов костенец (Asplenium) и вудсия (Woodsia).

5. окрестности оз. Максимъярви (крайний северо-запад района), где сохранился массив коренной тайги со всем набором характерных для нее видов растений.

6. верховья р. Чирка-Кемь, где на прибрежных выходах карбонатов встречаются многие скальные виды растений, например, костенцы и вудсии (Asplenium, Woodsia).